Compensatiepunten zijn punten waarmee je onvoldoendes kunt compenseren. Je kunt deze gebruiken om te kunnen voldoen aan de eisen voor het gemiddelde cijfer. Je maakt als het ware een onvoldoende cijfer weer goed door een hoog cijfer van een ander vak ertegenaan te zetten. Een 7 levert bijvoorbeeld 1 compensatiepunt op, een 8 levert 2 punten, een 9 levert 3 punten en een 10 levert 4 punten op.
Als je straks bijvoorbeeld een eindcijfer 4 hebt, dan moet je daar een 8 tegenover zetten. Je zet dan dus je 2 compensatiepunten in. Door een aantal hoge cijfers te halen, geef je jezelf dus wat compensatiepunten die je weer kunt inzetten om lage cijfers/onvoldoendes goed te maken.
Je kunt je compensatiepunten van het combinatiecijfer niet inzetten om onvoldoendes te compenseren van je centrale examens, dus je kan je compensatiepunten niet gebruiken voor de 5,5 regel.